학원 이사국으로부터 업무를 위탁받은 이들 조직은 인정 조직이라 불리고 학원 내에서 강한 권한을 가진다. 니라토르프는 도시 그 자체이며, 이를 유지하기 위해서는 다양한 시설이 필요하고 이를 운영할 조직 역시 필요하다. 첨단 교육 특별 구역의 자치는 건전한 교육 기관을 운영한다는 조건으로 학원 이사국에 전권이 위임되어 있으며, 그 하부 조직인 인정 조직들은 일종의 행정 기관이라 할 수 있다. 규모와 관계없이 학원 이사국의 하위 조직으로 관리되는 모든 조직은 인정 조직으로 취급된다.
조직 일람
학원 이사국
교육 기관으로서의 니라토르프를 유지·운영하는 조직. 구성원은 평의회에서 선출된다. 조직의 가장 중요한 업무는 이사 총회를 개최하는 것이다. 이사 총회는 학원의 최고 의사 결정 기관이며, 여기서 가결된 내용을 바탕으로 각 인정 조직에 업무 집행을 지시한다. 1층 로비는 누구나 출입할 수 있으며, 이곳의 사증 창구에서 학생수첩 등을 재발급받을 수도 있다. 또한 일반 지역에서 구청이 맡는 역할도 겸하고 있어, 주민표 등의 법적 서류를 발급할 수도 있다.
학원 도서국
직원과 극히 일부 학생들에 의해 운영되는 학원의 인정 조직. 니라토르프 내 각 학부 시설에는 전용 도서관이 존재하며, 이들 도서관의 도서 관리 역시 기본적으로 학원 도서국이 담당한다. 본부는 방대한 장서를 자랑하는 종합 도서관으로도 기능하며, 지상 8층과 지하 5층, 총 13개 층으로 구성되어 있다. 개관 시간은 오전 10시부터 오후 6시까지이며, 일반 장서실은 24시간 이용할 수 있다. 일반 이용이 가능한 구역만 해도 전자 데이터를 제외하고 약 600만 권의 장서를 보유하고 있다.
종합 구매부
직원과 일부 학생들에 의해 운영되는 인정 조직. 명칭에 ‘부(部)’가 붙어 있지만, 이는 설립 당시 이 조직이 학생들이 만든 부활동이었던 흔적이다. 학원의 물자 유통 전반과 곳곳에 위치한 구매부 지점의 운영을 담당한다. 종합 구매부 본부는 도심에 있는 대형 복합 상업 시설과 거의 같은 형태를 하고 있으며, 내부에는 여러 음식점과 소매점, 노래방, 볼링장, 영화관 등의 오락 시설이 다수 들어서 있다.
의학부 부속 병원
니라토르프 내에 설립된 특정 기능 병원으로, 학원 이사국으로부터 학내 의료·복지 제공을 위임받은 인정 조직이다. 니라토르프에는 이 시설 외에도 여러 의료기관이 존재하지만, 대부분의 주민은 이 병원이 제공하는 의료 서비스를 이용한다. 학생과 직원의 경우 특별 보험이 적용되어 학원 이사국이 의료비의 50%를 부담하기 때문이다. 병상 수는 700개이며, ICU(집중치료실), CCU(순환기 질환 집중치료실), HCU(고도치료실)가 완비되어 있고 LCU(첨단 과학 치료실)도 마련되어 있다.
경비국
구역 내의 경비와 치안 유지 업무를 담당하는 인정 조직으로, 학원 직원과 극히 일부 학생들에 의해 운영된다. 교칙에 정해진 통금 이후에도 외출이 허용되는 사람은 경비국원뿐이라는 사실은 일반 학생들에게도 널리 알려져 있다. 치안 유지의 관점에서 학원 내 수사권과 체포권이 부여되어 있으며, 학내 규칙을 위반한 주민을 구속하기도 한다.
직원국
니라토르프는 하나의 도시로 성립할 만큼의 인구와 시설을 갖추고 있다. 그러나 주된 목적은 학생들을 위해 학업에 적합한 건전한 환경을 조성하는 것이며, 이는 도시로서의 발전보다 우선되는 사항이다. 이러한 이념을 실현하기 위해 설치된 것이 직원국이며, 니라토르프 내에 점포나 연구 시설 등을 설치할 때에는 반드시 이 기관의 인가를 받아야 한다. 인가를 받은 후에도 이 기관에서 파견된 직원의 정기적인 감사를 받는 것이 의무화되어 있다.
회계금융국
니라토르프 내의 자금 운용을 담당하는 금융 기관. 학원 운영에 필요한 막대한 자금의 운용을 학원 이사국으로부터 위탁받은 인정 조직이기도 하다. 학생들 사이에서는 학생수첩(취학 사증)을 제시하면 예금통장을 발급받을 수 있는 것으로 알려져 있다. 통장을 발급받으면 학생수첩 내의 IC 칩을 학내 전용 신용카드로 사용할 수 있게 된다. 또한 니라토르프 내에서 이루어지는 신규 사업에 대한 융자도 제공하고 있으며, 이 제도를 이용하는 기업도 많다.
평의국
니라토르프 평의국은 인정 조직 중에서도 가장 작은 조직이지만, 그 영향력은 헤아릴 수 없을 정도로 크다. 학원 이사국의 모든 구성원은 평의국이 개최하는 평의회에서 결정된다. 평의원은 학내 선거를 통해 선출되며, 평의국은 학생 30명과 직원 30명, 총 60명으로 구성된다. 임기는 2년이며, 학생의 경우 졸업하더라도 임기가 자동으로 종료되지는 않는다.
철도국
학원 이사국으로부터 학내 운송과 교통수단의 확보·유지를 위임받은 전문 직원들로 구성된 인정 조직. 학원 안팎의 물류와 교통수단으로 부설된 모든 철도는 이 조직에 의해 부설·운영되고 있다. 또한 니라토르프의 교통법에 해당하는 「교통 규칙」을 제정하는 조직이기도 하며, 니라토르프 내에서는 배송 업체와 우체국의 역할도 담당하여 우편 업무를 일괄적으로 관리하고 있다.